Следственный изолятор № 5 организован приказом МВД РФ от 22.05.1992 года № 045 на базе бывшего лечебно-трудового профилактория в зданиях дореволюционной постройки.
Первоначальный лимит наполнения изолятора был определен в количестве 600 человек, с ноября 1993 года объявлен плановый лимит наполнения в количестве 1510 человек, приказом Минюста России № 63 от 19.02.2001 года лимит наполнения определен в количестве 945 человек на площади 3780 м2. Этим же приказом следственный изолятор № 5 ГУИН Минюста России по Санкт-Петербургу и Ленинградской области переименован в Учреждение ИЗ-47/5 ГУИН Минюста России по Санкт-Петербургу и Ленинградской области.
Первая партия подозреваемых и обвиняемых женщин была принята из учреждения ИЗ-47/4 (Следственного изолятора № 4) 17.12.1992 года в количестве 40 человек.
Первым начальником учреждения назначен подполковник Воловик Игорь Константинович.
В апреле 1993 года все женщины, содержащиеся в ИЗ-47/4 в количестве 450 человек, были полностью переведены в учреждение ИЗ-47/5, и с тех пор все арестованные и транзитные женщины стали доставляться только сюда. Одновременно шла реконструкция палат лечебно-трудового профилактория под камеры следственного изолятора с подводкой холодной и горячей воды.
В изоляторе проходят практику следующие студенты:
1. Агрест Сергей — 1 курс
2. Лаврентьев Димитрий — 2 курс
3. Магдеев Александр – 1 курс
4. Чорнобай Петр – 1 курс
5. Швецов Никита – 2 курс
6. Шутко Сергей – 2 курс